酵素的数目种类繁多，其分类无统一的规定。有的科学家将酵素分成两大类：单一酵素和复合酵素。单一酵素如木瓜酵、小麦草酵素，这类酵素只对单一物质产生作用，而复合酵素则是由多种单一酵素集合在一起，其作用当然是多重性的。
依酵素作用分类可分为转移酵素和消化酵素：转移酵素在人体内便多达1500多种，如转氨基酵素，主要是转移和催化其细胞所需求的各种养分，进而供细胞所吸收，而消化酵素如脂肪酵素、淀粉酵素则主要是消化整肠及清除排泄毒素废物的作用，但国际上为了方便对酵素的研究，科学家又将其分为六大类：氧化还原酵素（氧化抗自由基作用）、转移酵素、水解酵素、裂解酵素、连接酵素、异构酵素。
由于酵素小到可以穿过小肠细胞并直接进入血液中，它将利用消化完成的营养素建构肌肉，神经血液及腺体；此外，酵素也有利于尿素的形成，使之随尿液排出，另有一些酵素还会辅助骨骼和神经组织吸收，也有助于红血球吸收铁，因而像骨质疏松、贫血者就是因为缺少此种酵素而引起的。可见，身体只要任何一种酵素不足或缺失，都有害健康。
中国台北医学保健学博士陈俊荣称酵素为“生命要素”，并认为所有人都应该生食或额外摄取酵素，以减轻消化器官的负担，延长寿命。但摄取的酵素必须是复合性酵素其活性越高酵素的效率就会高，身体就会越健康。