教堂尤其是天主教堂都很重视玻璃窗的设计，古老教堂多用圣经故事作为装饰题材，让教徒祈祷时默想福音，而神父亦可借助玻璃窗的图象讲说经文。在功能上，彩绘玻璃窗会随室外阳光的变化而引入不同的色彩效果，益增宗教气氛。

    一八七五年建成的伯大尼修院，采用哥德复兴式设计，楼高两层的圣堂装设了许多尖顶窗。半圆形圣所上端有七扇天窗，中央是耶稣圣心像，两旁以植物图案衬托。圣堂两侧墙壁共有十二扇玻璃窗，亦镶了色彩斑斓的图案，下层主题以人物为主，包括童贞玛利亚、圣若瑟与圣婴耶稣、圣安纳与孩童时代的耶稣、洗者圣若望、天使长圣弥格，以及圣方济与中国男孩等，各自带出宗教讯息。圣堂的彩绘玻璃窗在法国制作，一九七五年巴黎外方传道会出售伯大尼修院时，所有玻璃窗均被拆走。其后政府取得修院业权，租予香港大学作为出版社和储存书籍，窗洞都被封闭。二○○三年香港演艺学院展开修复工程，循多方途径追寻原物下落。他们发现坚尼地道的共济会（即雍仁会馆）饭厅有七扇玻璃窗与伯大尼圣堂的相同，经要求后获允送回重置。另外亦从政府仓库寻回两扇玻璃窗，其余十块唯有按原来设计复制。

    现今骤眼而看，很难分辨新旧玻璃窗的不同。位于正中的耶稣圣心玻璃窗是原物，不论从里面或外面观赏都十分悦目。