北京市佛教协会下设四个办公室：

一、办公室：理解掌握国家和北京市有关法律法规，确保佛协各项规章制度的实施、贯彻和落实；协调各部门、各寺院的关系，起到桥梁的作用；负责佛协印鉴、介绍信的使用管理，负责各类公文的撰写、整理、归档以及各类文件、信函的接收和传阅；负责相关单位的接待。

二、财务室：贯彻执行财务会计的相关法律、法规，及时分析经济形势，按时上报财务状况；协助做好各寺院的财务管理。

三、总务室：负责北京市佛教协会的后勤保障工作，负责环境卫生，绿化美化，车辆出行及食堂的管理；保证佛协内部各种通讯畅通；负责日常生活的设施维修，保障各部门安全的供水、供电、供暖。

四、房产管理办公室：负责佛教房产的落证、确权、开发、修缮和管理。配合政府宗教事务部门做好佛教房产的落实政策工作；负责对佛教房产产权的管理以及房屋的修缮；负责申领房屋所有权证和土地使用权证，及时了解发现拆迁改造区房屋的变动情况，做好房屋管理工作；对城市建设和危房改造中拆除的佛教中房产与拆迁开发单位办理补偿手续。

五、教务办公室：宣传党的宗教政策，管理本会所属寺院、居士林的教务工作；执行《宗教事务管理条例》，依法加强对宗教活动场所的管理；组织协调大型法务活动；组织开展对外弘法交流。