遗传毒性研究是药物安全性评价与药物整体开发进程的一个有机组成部分，其最终目的在于预测受试物潜在的遗传毒性或致癌性。试验结果的分析和评价是试验的必要组成部分，应对研究结果进行科学和全面的分析和评价。在对遗传毒性试验结果进行评价时，应结合受试物的药学特点、药效学、药代动力学和其他毒理学研究的结果等信息进行综合分析。中药、天然药物还应结合处方组成特点、方中药味毒性情况、临床应用背景情况等进行综合分析。试验结果的评价最终应落实到临床研究受试者范围限定、风险效益评估以及必要防治措施的制定和应用上。
遗传毒性试验组合检测的是主要通过直接的遗传损伤机制的致癌剂（如绝大多数已知的人类致癌剂），该类组合无法检测出非遗传毒性致癌剂。体外试验的一些实验条件，如有限的体外代谢活化能力，可能导致假阴性结果，但是，任何一种遗传毒性试验中的阳性结果并不一定能说明受试物对人体真正具有遗传毒性或致癌性的危险。在对体内外试验结果进行评价时，对阳性或阴性的结果均应予以充分考虑，尤其是在有疑义时。因此，需进行综合分析和评价。
在评价体外试验阳性结果的生物学意义时，应考虑以下几个问题：（1）与阴性或溶剂对照数据及背景数据比较，是否有意义？（2）是否有剂量相关性？（3）弱或可疑的阳性结果是否可重现？（4）阳性结果是否由于体外独特的代谢活化途径或体外特殊的活性代谢物所致（注释13）？（5）结果是否可归因于体内不存在的体外极端培养条件，如极端的pH值、渗透压、细胞悬液中的沉淀物？（6）哺乳类动物细胞试验中，阳性结果是否仅出现在存活率极低的浓度？（7）阳性结果是否归因于某种污染物（当某些化合物不存在可疑结构或仅为弱诱变剂或仅在很高浓度时才有诱变性时，可能发生该种情形）？（8）某种特定遗传终点的试验结果是否与同类化合物中其他化合物的试验结果一致？（9）有无其他可能的情况。
通过以上考虑，综合分析该阳性结果是否有生物学意义。
在评价体外试验阴性结果时，应慎重考虑以下问题：（1）受试物的化学结构或已知代谢是否提示采用的标准体外代谢活化技术（如啮齿类动物肝脏S9）可能不合适？（2）化合物的结构或已知反应性是否提示采用其他检测方法或系统更合适？（3）有无其他可能的情况。
与体外试验相比，体内试验方法具有考虑到与人体应用相关的吸收、分布、排泄的优点，而且体内代谢相对于体外试验中的代谢系统更具有相关性，因此，体内试验在遗传毒性试验中具有更重要的意义。一些已经确证的体内方法可用于评价遗传毒性，其中包括骨髓或外周血细胞遗传学试验。若某受试物体外试验结果为阴性，一般仅需进行一种体内细胞遗传学试验。
对于在一种或多种体外试验中显示有生物学意义的阳性结果的受试物，在进行一种体内细胞遗传学试验的基础上，采用骨髓或外周血以外的组织进行进一步的体内试验可提供更有用的信息（注释14）。受试物体内作用的靶细胞以及体外试验的检测终点有助于选择附加的体内试验。
如果体外与体内试验的结果不一致，对其中的差异应采用具体问题具体分析的原则进行考虑和分析。评价受试物的潜在遗传毒性时，应全面考虑各项试验结果、体内和体外试验方法的内在价值及其局限性。
体内试验结果的意义与确定受试物在靶组织（注释12）中有足够的暴露直接相关，尤其是当体外试验显示出确定的阳性结果而体内试验结果为阴性时更为重要。由于靶组织以外的组织中出现了剂量限制性的毒性，因此靶组织中通常很难达到足以诱发生物学反应（如毒性）的浓度。在这种情况下，毒代动力学资料能提示在靶组织中的暴露情况。如果由于受试物在靶组织中利用度很低或蛋白结合率高等原因以致无法达到足够的暴露量，此时常规的体内遗传毒性试验的意义较小。
以下建议适用于骨髓细胞遗传学试验，如果用其他靶组织，类似的原则也可采用。对于任何一种体外试验方法结果呈阳性、而体内试验结果为阴性的受试物，应采用以下任何一种方法反映受试物在体内的暴露水平：
（1）通过测定微核试验中在各剂量组和各采样时间点骨髓中未成熟红细胞数与红细胞总数的比例发生的显著变化，或通过测定染色体畸变试验中有丝分裂指数显著的降低，间接反映受试物的暴露水平。
（2）通过测定血液或血浆中的水平反映受试物相关物质的生物利用度（注释15）。
（3）直接测定骨髓中的受试物相关物质。
（4）通过放射自显影检测组织暴露水平。
对于方法（2）～（4），应先在最高剂量或其他相关剂量采用与骨髓试验相同的动物种属品系及给药途径进行检测。若体外试验未显示受试物有潜在遗传毒性，可采用上述任何一种方法，也可用啮齿类动物吸收、分布、代谢和排泄试验结果来确定体内（系统）暴露水平。
遗传毒性对生殖细胞的影响也极其重要。有关生殖细胞诱变剂检测的比较研究结果显示，大多数生殖细胞诱变剂能在体细胞试验中检出，而体内体细胞遗传毒性试验的阴性结果通常可提示受试物对生殖细胞也无影响。体内体细胞试验结果为阳性时，在综合评价及指导用药时应关注受试物对生殖细胞的影响。
当遗传毒性结果为阳性时，对进入临床试验是否安全，应考虑所有的安全性资料，包括对所有遗传毒性资料的全面评价和拟进行的临床试验的性质。
如果这些遗传毒性试验的结果提示无潜在的遗传毒性，则临床研究一般可在健康受试者和拟用临床适应症的病人中进行。对于遗传毒性试验出现阳性结果、但不直接与DNA发生作用的受试物，不是全都会带来明显的体内给药的风险。因此，当遗传毒性试验出现阳性结果时，建议提供有关遗传毒性机制的证据以及这种机制与预期体内暴露的相关性，或者通过试验排除药物为非直接与DNA作用的机制，如证明受试物不使DNA烷化或DNA链断裂。若确认受试物可直接损伤DNA，在极特殊情况下，可能会允许用于危及生命的疾病（如癌症），但不能在健康受试者中使用。
当受试物的标准三项试验组合中的任何一项试验结果为阳性时，建议完成标准试验组合中的第四种试验。若结果模棱两可，需重复试验以确定结果的可重现性。若一项或多项试验结果为阳性，需采用证据权衡法（注释16）、进行作用机制研究或附加的支持性试验（注释17）以确认受试物是否会引起遗传毒性。